Sultanların sağlığından sorumlu hekimbaşıların denetiminde olan bu kuleden günümüze çok sayıda saray ve ilaç şişeleri kalmıştır. Hisarpeçeye oturtulan ahşap ve iki bölümlü Sofa Köşkü ise 18.yüzyıl ortasında Rokoko süslemesiyle bahçeye açılan bir divanhanedir. Özellikle sarayda "Halvet" ilan edilerek yapılan büyülü gece ve gündüz eğlencelerinde harem halkına da açılan köşk, altyapısı bir köşe burcu olan Bağdat Köşkü'ne hisarpeçe ile bağlanır. Bu alandaki bahçelerde sultanların bizzat yaptığı ve oyunları seyrettiği, IV. Murad'a ait ve Hekimbaşı Kulesi'ne dayalı bir taş tahttan anlaşılmaktadır. Bahçenin Marmara yönündeki mermer terasına ise 1850'lerin başlarında Mecidiye Köşkü yapılmıştır. Köşkün aynı üslupta serbest yükselen Esvap Odası ilginç bir detaydır. Bu köşkün tuğla kemerli altyapısının geçmişi Fatih Dönemi ve öncesine olsa gerektir. Bahçenin diğer bir yapısı ise, 19.yüzyıl ortasında Neoklasik üslupta inşa edilen Sofa Camii'dir. Bahçe, Sarayburnu yönündeki Hasbahçe'ye Balyanlar üslubunda iki kuleli bir kapıyla bağlanmaktadır. HAREM Topkapı Sarayı'nda Bab-üs Saade duvarı ile ayrılan idari ve özel bölümler Harem Dairesi için de geçerlidir. Bu duvar ekseninin devamında Harem'in Divan Meydanı yönündeki yapıları, kızlarağası yönetiminde ve haremağaları elindeki dış hizmet grubunun veya cariye olarak iç hizmet kadrosunun ikâmet mekânlarını oluşturur. Harem'in Karaağlar Taşlığı'na ve söz konusu ana duvara açılan Cümle Kapısı ise hanedan ve üst düzey saray kadınlarının yaşadığı esas Harem bölümüne ile bu bölüm Altınyol ile bağlanan ve Hünkar Sofası çevresinde dizilen, padişah ve şehzadelerin yaşadığı Harem'deki Selamlık bölümlerine açılır. Karaağa-cariye, Harem ve Selamlık bölümü olarak gelişen Harem'de yapı kronolojisini ortaya koymak, sarayın diğer bölümlerini açıklamak kadar kolay değildir. İslâm geleneğinin aileye kazandırdığı kutsallık ve gizlilik prensibi, Osmanlı sarayında en ulaşılmaz ve dramatik örneklerinden birini vererek haremin mimarî kuruluşu hakkında kaynaklar sunmuştur. Ancak tarihsel olaylar, kurumlaşma, mimarî üsluplar ve sarayın topografyası, harem yapılaşmasının 4 ana devirde gerçekleştiğini göstermiştir. I- Fatih Sultan Mehmet ile Kanuni Sultan Süleyman Devri arasında 15.yüzyıl sonu 16.yüzyıl ortasındaki ilk dönem: Topkapı Sarayı'ndan önce Beyazıt'a yapılan İstanbul'daki ilk Osmanlı sarayı olan Eski Saray ile Topkapı Sarayı bu ilk dönemde Kadınlar Sarayı (Saray-ı Duhteran) denilen bir daireden oluşmaktaydı. Günümüzde bu daire değişmiş ve sonraki yapılaşma nedeniyle bağımsızlığını kaybetmiş durumdadır ve Baş Haseki dairesi adıyla bilinmektedir. Adalet Kulesi'nden itibaren Harem Cümle Kapısı, Başhaseki Dairesi, I. Selim Kulesi, Bağdat Köşkü ve Hekimbaşı Kuleleri gibi çıkmalar hisarpeçe üzerinden kule köşkleri halinde orta zaman kale-sarayları tarzında düzenli bir yapılaşma ortaya koymaktadır. Bu dönem Harem yapıları dış sofalı konut mimarisiyle uyum içindedir. İlk dönem alanı, 16.yüzyıl sonlarında üzerine padişah ve valide sultan daireleri ile cariye koğuşlarının yapılacağı bahçe duvarlarıyla sınırlanmıştı. Geniş bir cariye ve hadımağası kadrolaşmasına gerek duyulmayan bu ilk dönemde, Harem'in Arabalar Kapısı ve Adalet yönünün Harem dışında serbest bir alan olduğu anlaşılmaktadır. Kuleyi Çinili Köşk'e bağlayan ve Büyük Biniş denilen at rampasının aksı ile kulenin serbest yükseldiğini kanıtlayan altyapısı da bu fikri desteklemektedir. İlk dönemin diğer bir önemli yapı grubu da Harem'in Hasoda yanındaki çıkışta yer alan Selamlık Dairesi olmalıdır.

Hamamlı ve I. Selim Kulesi olarak adlandırılan kule-köşkün, şehzadelerin gözetimi altında baştan beri eğitim için ayrıldığı bilinmektedir. Bu alan 16.yüzyıl sonundan itibaren Şimşirlik Kafesi denilen ve bahçeleri de kapsayan Şehzadegan dairelerinin de çekirdeğini oluşturmuştur. Valide ve Gözdeler Taşlığı çevresindeki yapılardan oluşan bu ilk dönem yapılarının ilginç bir sürekli revak düzeniyle kuşatıldıkları anlaşılmaktadır. II. Kanuni Sultan Dönemi: Bu dönem, haremin Topkapı Sarayı'na yerleşmesiyle, karizmatik bir kişiliğe sahip olan Haseki Hürrem Sultan ve Kanuni Sultan Süleyman ile başlamıştır. 1520-30 yılları arasında Topkapı Sarayı genişledikçe niteliği de değişmiştir. Hürrem Sultan'ın Eski Saray'daki haremden çıkarak çocuklarıyla Topkapı Sarayı hareminde sürekli yaşaması; ailenin tüm ihtiyaçlarının da Topkapı Hareminde karşılanmasına yol açmıştır. Bu dönemde Topkapı haremine gelen karaağalar ve cariyeler için yan yana fakat ilişkisiz birer avlu çevresindeki iki koğuş düzeni, haremde hanedan yapılarının dışında, fakat onları kuşatacak, hatta koruyacak şekilde yapılmış olmalıdır. Bu yapılarının işlevsel olarak Kızlarağası Dairesi ile Cariye Hamamı'nı da içerdiği anlaşılmaktadır. Bununla bağlantılı olarak, haremin önemli bir unsuru olan Usta ve Kalfalar Dairesi de Fatih Döneminde yapılan Valide Taşlığı'nı Başhaseki Dairesi karşısında sınırlayan kanada taşınmış olmalıdır. Bu dönemde, Hürrem Sultan'ın konumuna uygun olarak Başhaseki Dairesi'ne ismini verdiği ve Kanuni'nin de III. Murad Döneminde yenilenecek olan haremdeki Hasodası'nı yaptırdığı anlaşılmaktadır. III. III. Murad ve Nurbanu-Safiye Sultan Dönemleri: 16.yüzyıl sonunda Osmanlı sistemi gibi, harem kurumlaşmasının da sarayda tamamlandığı görülür. Geleneksel Türk-İslâm ailesindeki anaerkil yapının Osmanlı saray haremindeki gerçek ve değişmez görüntüsü Valide Sultan olmuştur. Nurbanu Sultan ve Haseki Safiye Sultan'ın çekişmeli ilişkileri içinde karizmatik iki figür arasında bocalayan III. Murad, bu gerilimli yönetimin Topkapı Sarayı Harem'inden idare edileceği bir yapılaşmaya gitmek zorunda kalmıştır. Topoğrafik şartlardan ötürü payeli bir strüktür üzerinde yükseldiğinden, dönemin klasik mimari anlayışına uygun bu zengin cephe yapıları, haremde güç paylaşımını da temsil etmektedir. Cariye koğuşları bu yeni yapılaşmayla görkemli dairelerin altyapıları olurken, eski Cariye Taşlığı, giderek ikbal ve diğer kadınefendilerin sade bir cephelemeyle de olsa manzaradan, yani haremde odaklanan iktidardan pay alabildikleri bir kimliğe bürünmüştür. Haremde gerek cephede, gerekse Valide Taşlığı'ndaki konumuyla merkez durumundaki Valide Sultan Dairesi perspektif ve cephe açısından sarayın en detaylı yapısıdır. Bir cephe kademesiyle kadınefendi dairelerinden ayrılan Valide Sultan Dairesi, hünkar hamamları sistemi ile mekânsal açıdan Hünkar Sofası ile başlayan Sultan ve Selamlık dairelerine bağlanırken, cephede de anıtsal bir revakla vurgulanmıştır. Valide Sultan Dairesi bu mekânsal önemini tarihte korumuş, Kadınlar Saltanatı denilen ve Valide Sultanların naibe oldukları 17.yüzyılda siyasi olayların sahnesi olmuştur. Mimar Sinan ve Davud Ağa gibi başmimarlar elinde klasik Osmanlı zenginliğinin ve sanatının kudreti, Hünkar Hamamları ve Hünkar Sofası ile temsil edilmiştir. Harem ve sarayın en büyük tören, kabul ve eğlence salonu olan bu kubbeli klasik yapının daha sonraları değişmiş olan bir cephe görüntüsü ve iç dekoru vardır. Bu sofanın yanındaki III. Murad Hasodası ise, bir Mimar Sinan yapısı olarak Osmanlı klasik mimarisinin, Osmanlı mantık ve estetiğinin ulaştığı denge ve simetrinin canlı bir örneğidir. Osmanlıların üretebildikleri en zengin çinilerle kaplanmış olan iç mekândaki kubbeli yapı, altyapıya yerleştirilen bir havuzla dengelenmektedir. Böylece mekân ve cephede yaratılan padişah, valide sultan ve kadınefendi hiyerarşisiyle, harem kurumlaşmasının değişmez esasları oluşturulmuştur. Klasik mantıkla yaratılan bu rasyonel mimarî düzenleme, harem bahçesindeki büyük havuz ile sürdürülür. Saray sisteminin ve harem hiyerarşisinin Topkapı Sarayı'na yerleştiği bu devrin diğer bir kompleksi de Şehzadegân Dairesidir. 16. yüzyılda Anadolu ve İran'la tehlikeli gelişimler gösteren şehzadelerin saray ve kendi aralarında giriştikleri iktidar kavgaları, sancak beyi olarak tayin edilen şehzadelerin bu dönemde hareme alınmalarına neden olmuştur. Ayrıca Fatih Kanunnamesi'nde devletin devamı için şehzade katline izin verilmesi nedeniyle kamuoyunda saraya karşı oluşan muhalefet de şehzadelerin harem ve hanedan içinde gözetim altında yaşatılmalarını gerektirmiştir. 16.yüzyıl sonlarında haremin devlet üzerindeki otoritesi protokoler cephe yapılarıyla vurgulanırken, ilk dönem haremin özü olan Altınyol, Başhaseki Daireleri üzerine de girift Şehzadegân dairesi yapılmış, bu sistem hamamlı I. Selim'in Kulesi'nin yanı sıra harem bahçesinden kazanılan Şimşirlik bahçelerindeki yapıları da kapsamış haremin dramatik tarihinin sembolü ve en geniş dairesi olmuştur. 15-17. ve 18.yüzyıllar:

Bu dönemlerde, 16.yüzyıl sonunda hızlı bir iç dinamikle tamamlanan harem yapılarının ek bölümleri kurumsal zorunluluktan değil, çok harem halkının kalabalıklaşması ve yangınlar nedeniyle oluşmuştur. Sonraki yapılaşmanın sembolik nedeni, bir hükümdarlık sembolü olarak sultanların sarayda Hasoda yaptırma geleneğidir. Bu dönemde oluştuğu bilinen bir yapı grubu da haremin hastane avlusu civarıdır. Bu devirde ayrıca valide sultanların artan gücüyle orantılı olarak dairenin üst katına odalar eklenmiştir. 18.yüzyılda batının yaşayış ve sanat üzerindeki etkisi doğaya ve hafifliğe daha fazla yer veren Barok ve Rokoko dekorasyon uygulamaları-ilkin III. Ahmed'in Hasodası'ndaki (Yemiş Odası) natürmort tasvirli panolarda görülmektedir. Yüzyıl ortalarında ise sultanlar, zenginleşen ve hafifleyen bir Rokoko romantizmini yaptırdıkları köşklere ve iç dekorasyona yansıtmışlardır. Klasik dönemin cepheye çıkma yapan Hazine Odası ve yanındaki Hasoda, I. Abdülhamid Döneminde aynı dekorasyonla kaplanırken, I. Selim Kulesi kısmen yıkılarak yerine konak görünümündeki ahşap Mabeyn ve İkballer Dairesi yapılmıştır. Tarihte Şimşirlik Alanı olarak dramatik bir karaktere sahip olan bölge, 18.yüzyılda hanedanın serbest yaşantısına açılmış ve şehzadelere çifte kasırlar verilmiştir. Harem yapılarında değişik sanatsal üsluplar göze çarpmaktadır. Osmanlı siyasetini, kültür ve sanatını olduğu gibi gösteren Topkapı Sarayı nadir bir müze örneğidir. Klasik hiyerarşi, güç ve anlamlı bir ihtişam döneminin sembolü olan Topkapı Sarayı, Rokoko eklerle ömrünü tamamlarken, yerini Tanzimat Dönemi Boğaziçi saraylarına bırakmıştır


Topkapı Sarayı hiç statik olmamıştır, zaman içinde sanki organik bir gelişme göstermiştir. Bu etkilerin ilki saray ve imparatorluk arasındaki paralelliktendi. İmparatorluk genişledikçe, saray da genişlemiştir. İkincisi sultanlar kendilerini güvensiz hissettiğinde ve duvarların arkasına çekildiklerinde doğadan uzak kalırlardı ve burası doğayı duvarlardan içeriye getirmek içindi.
Eğer son Osmanlı zamanları sayılmazsa, Osmanlı'nın ihtişamlı günlerinden kalan tek yapı Topkapı Sarayı'dır diyebiliriz. Ve Topkapı Sarayı, bizim bugün bildiğimiz diğer bütün saraylardan oldukça farklıdır. Osmanlı saraylarında bir çeşit alçakgönüllülük, basitlik ve pratiklik vardır.

Topkapı Sarayı yaklaşık 4.000 kişinin yaşadığı bir şehir-saraydı. 70 Hektarlık bir alanı kaplar. 400 Yıl boyunca Sultan 2. Mehmet'ten, Abdülmecit'e kadar toplam 25 sultana ev sahipliği yapmıştır. 1924 Yılında müze haline getirilmiştir.

Saray esas olarak iki bölümden oluşur, Birun ve Enderun. Birun dış saray, Enderun ise iç saray idi. Arka arkaya gelen dört saray avlusundan ikisi Birun'dadır. Enderun, iç saray, 3. ve 4. avlulara haremle bağlıdır. Halka açık ilk avlu Bab-i Humayun'dan sonra başladı. Burası 120 yatak kapasiteli bir hastaneyi de içeren bir servis alanıydı, bir fırın, cephanelik, darphane ve pekçok depo alanı vardı. Bu avlu şehir merkezi olarak rol oynamıştır. Topkapı Sarayı, sultan'ın dinlenme alanı olduğu gibi onun mahkemesi ve haremiydi. Ve Divan'ın toplandığı yerdi aynı zamanda. İkinci avlu, Alay Meydanı, Babusselam' dan sonra başlamıştır. Burası Divan oturumunun yapıldığı yer ve Divan'la işi olan herkese açık olan biryerdi. Burası yönetim merkeziydi. Divan haftada 4 kez toplanırdı. İlk zamanlarda sultanlar da bu toplantılara katılırdı. Fakat sonraları, ızgara bir kafesin arkasına oturup oradan konuşanları dinlemeyi seçmiştir. Konsil toplantılar sırasında o an sultanın dinleyip dinlemediğini asla bilmezlerdi, sadece sultan kendi konuşursa anlayabilirlerdi. Divan'da iki oda içerirdi : Ulu vezirin ofisi ve adalet kulesi, genel kayıt odası.

Divan'a ek olarak mutfaklar vardı. Mutfaklarda 10 çatılı ve bacalı geniş oda vardı. Bu mutfaklarda o zamanlar 4.000 kişilik yemekler pişiyordu. Mutfaklar farklı kişiler için ayrı ayrı kullanılıyordu çünkü farklı sınıflar için farklı tabaklarda hazırlanıyordu.

Mutfaklarda bugün, dünyada en değerli 3. Çin Porselen kolleksiyonu otantik mutfak malzemeleriyle beraber gösterime sunulmuştur. Üçüncü avluya girişten önce, kapının önünde, her gerektiğinde kullanılmak üzere dini bayramlar, yabancı elçi veya büyüklerinin karşılama törenlerinde bir taht bulunur. Yeniçerilerin maaşlarının ödendiği, normal sancağın ve halife sancağının olduğu yerdi. Enderun, iç saray, Babussaade'den sonra başladı ve sultana ve saraya hizmet eden iç saray hizmetçileri vardı. Üçüncü avluya girdikten sonra ilk bina Arz Odasıdır. Pekçok önemli seromoniler de burada yapılırdı. Büyükelçilerin karşılanması, Divan toplantılarının sultana sunulması bu mecliste yapılırdı. Avlunun ortasında Sultan 3. Ahmet'in kütüphanesi yer alır. Sağ taraftaki bölümde sultanların kıyafetleri gösterilir. Bunun yanında da hazinedeki mücevherler yer alır. Burada birbirinden değerli malzemelrden en değerli ikisi, Kaşıkçı elması ve topkapı hançeridir. Kaşıkçı elması 86 karattır, 49 geniş elmasla kaplıdır. Topkapı hançeri , çok değerli zümrütlerle süslenmişti ve İran şahı Nadir'e hediye olarak gönderilmişti. Fakat yoldayken onun bir suikasta uğradığı haberi gelince son derece değerli hediye tekrar saray hazinesine getirildi. Hazinede gösterime sunulanların arasında Baptist John'a ait, bir el, kol ve kafatası kemikleri de bulunmaktadır. Burada ayrıca minyatürler köşesi, hattatlar köşesi, sultanların portrelerinin olduğu yer, saatler ve kutsal islami eşyalar yer alır. Kutsal islami eşyalar arasında Hz. Muhammed'e ait kişisel eşyalar(bir manto, kılıç, mühür, diş, sakal, ayak izi) vardır. Halife kitapları, Kur'an yazıları vs de yer alır. Dördüncü avluda Marmara Denizi'ne ve Altın Boynuz'a bakan büyük çadırlar vardır.